Il CNAIDS ha anche sviluppato un network di cooperazione internazionale. Nel 1998, i governi italiano e statunitense (tramite l'ISS e i National Institutes of Health) hanno siglato un accordo di cooperazione per lo sviluppo congiunto di un vaccino contro l'HIV. L'accordo è stato rinnovato nel 2003. Il CNAIDS ha inoltre stabilito collaborazioni con molti centri in Europa e nei Paesi in via di sviluppo - tra cui il Sudafrica e lo Swaziland - che puntano a costruire infrastrutture e a sviluppare sul campo gli studi necessari alla sperimentazione di un vaccino contro l'HIV.
Nel Gennaio 2008 è stata avviata un'importante iniziativa nel contesto della cooperazione tra l'Italia ed il Sudafrica e in collaborazione con il South African National Department of Health (DoH), su finanziamento del Ministero degli Affari Esteri Italiano (MAE) per un totale di 20 milioni di euro. La Dott.ssa Barbara Ensoli, Direttore del Centro Nazionale AIDS dell'Istituto Superiore di Sanità, è il responsabile scientifico del progetto. Scopo dell'iniziativa è di dare sostegno alla lotta contro l'HIV/AIDS attraverso lo sviluppo di un sistema integrato di interventi diretti al rafforzamento e al consolidamento del Sistema Sanitario Sudafricano, alla qualificazione GMP (Good Manufacturing Practice) di siti di produzione vaccinale e all'implementazione della fase II di sperimentazione preventiva e terapeutica del vaccino Tat.
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